Τῷ 1978 ἔλαβεν τὸ ὀφφίκιον τοῦ Ἀρχιµανδρίτου. Διωρίσθη Γραµµατεὺς ἐν τοῖς Πατριαρχικοῖς Γραφείοις, τῶν ὁποίων τὴν Διεύθυνσιν ἀνέλαβεν τῷ 1981 ὡς Ἀρχιγραµµατεύων. Διετέλεσε µέλος τῆς Σχολικῆς Ἐφορείας. Τῷ 1983 ὠνοµάσθη Γέρων Ἀρχιγραµµατεὺς καὶ τῷ 1985 διωρίσθη Μέλος τῆς Ἁγίας καὶ Ἱερᾶς Συνόδου.
Τῷ 1988 ἐξελέγη Ἐπίσκοπος Πορφυρουπόλεως, διατηρήσας τὴν θέσιν τοῦ Ἀρχιγραµµατέως ἕως τὸ 2001. Τῷ 1991 ἐξελέγη Ἀρχιεπίσκοπος Λύδδης. Τῷ 1998 προήχθη εἰς Μητροπολίτην Βόστρων. Μετέσχεν εἰς διάφορα Συνέδρια ὡς ἐκπρόσωπος τοῦ Πατριαρχείου, καὶ εἰς τὸ Συµβούλιον τῶν Ἐκκλησιῶν Μέσης Ἀνατολῆς ἀπὸ τοῦ 1986 ἕως τῷ 2001. Συνώδευσε τὸν Πατριάρχην Διόδωρον κατὰ τὰς ἐπισήµους ἐπισκέψεις αὐτοῦ πρὸς πάσας τὰς Ὀρθοδόξους Αὐτοκεφάλους Ἐκκλησίας.
Τὸν μῆνα Ὀκτώβριον τοῦ ἔτους 2005 ὁ Μητροπολίτης Βόστρων κ. Τιμόθεος διωρίσθη ὑπεύθυνος τῆς ἀναδιοργανώσεως τῆς Ἐξαρχίας Κύπρου.