Εἰς τὸ βάθος καὶ πίσω ἀπὸ τὴν ἁγία Τράπεζα, ἐπάνω εἰς τὸ βράχο, ἔχει διαμορφωθεῖ μικρὸ κοίλωμα, ὅπου καταλήγει ἡ ρωγμὴ ἡ ὁποία ξεκινᾶ ἀπὸ τὴν ὀπὴ τοῦ Σταυροῦ εἰς τὸν Γολγοθᾶ. Τὸ παρεκκλήσιο ἔφερε ἐντυπωσιακὸ ψηφιδωτὸ διάκοσμο,τό ὁποῖο κατεστράφη εἰς τὴν πυρκαγιὰ τοῦ 1808 καὶ εἰς τὴ συνέχεια ἀντικατεστάθη μὲ τοιχογραφίες. Εἰς τὴν ἴδια πυρκαγιὰ κατεστράφη ὁλοσχερῶς καὶ ὁ λεγόμενος «Τάφος τοῦ Μελχισεδέκ». Δίπλα ἀπὸ τὴν εἴσοδο τοῦ παρεκκλησίου ὑπῆρχαν ἄλλοτε οἱ τάφοι τοῦ Βαλδουΐνου τῆς Φλάνδρας καὶ τοῦ Γοδεφρείδου de Bouillon, οἱ ὁποῖοι συλήθησαν κατὰ τὴν ἰσλαμικὴ ἀνακατάληψη τῆς Ἱερουσαλὴμ τὸ 1244. Εἰς τὸ σημεῖο αὐτὸ σήμερα σώζεται ὁ τάφος Ἄγγλου σταυροφόρου.

        Βορειανατολικὰ ἀπὸ τὸ παρεκκλήσιο τοῦ Ἀδὰμ σχηματίζεται ἡ καλούμενη «ἱερὴ στοά», ἡ ὁποία διατρέχει τὴν κόγχη τοῦ Καθολικοῦ. Εἰς τὴ στοὰ αὐτὴ ἔχουν διαμορφωθεῖ τρία παρεκκλήσια, τὸ πρῶτο ἀπὸ τὰ ὁποῖα ὀνομάζεται τοῦ «Ἀκανθίνου Στεφάνου» καὶ ἀνήκει ἀποκλειστικὰ εἰς τοὺς Ὀρθοδόξους. Εἰς τὴν κόγχη του καὶ κάτω ἀπὸ τὴν ἁγία Τράπεζα ὑπάρχει τμῆμα τοῦ γρανιτένιου κίονα ἡ ὁποία εὑβρίσκετο ἀρχικὰ εἰς τὸ Πραιτόριο καὶ μετεφέρθη ἀπὸ τοὺς χριστιανούς, ὅταν αὐτὸ περιῆλθε εἰς τοὺς Μουσουλμάνους, εἰς τὸ σημεῖο ὁ ὁποῖος φυλάσσεται σήμερα.

        Σύμφωνα μὲ τὶς εὐαγγελικὲς διηγήσεις, ἐνῶ ὁ Χριστὸς βρισκόταν εἰς τὸ Πραιτώριο, οἱ Ρωμαῖοι στρατιῶτες τοῦ φόρεσαν τὴν κόκκινη χλαμύδα καὶ πλέξαντες στέφανον ἐξ ἀκανθῶν ἐπέθηκαν ἐπὶ τῆς κεφαλῆς αὐτοῦ (Ματθ. κζ’, 28-31. Πρβλ. καὶ Μάρκ. ιε’, 16-20. Ἰω. ιθ’, 2-3). Ἔτσι, σὲ ἀνάμνηση τοῦ γεγονότος αὐτοῦ, μέσα σὲ ἰδιαίτερη θήκη ὑπάρχει στεφάνι κατασκευασμένο ἀπὸ τὰ σκληρότερα ἀγκάθια τῆς Παλαιστίνης. Ἡ θήκη αὐτὴ ἔχει τοποθετηθεῖ δεξιὰ τῆς ἁγίας Τράπεζας, εἶναι ὅμοια μὲ τὴν ἀντίστοιχη τοῦ Γολγοθᾶ καὶ φέρει τὴν ἀνορθόγραφη ἐπιγραφὴ: ΚΑΙ ΠΛΕΞΑΝΤΕΣ ΣΤΕΦΑΝΩΝ ΕΞ ΑΚΑΝΘΩΝ ΕΠΕΘΥΚΑΝ ΕΠΙ ΤΗΝ ΚΕΦΑΛΗΝ ΑΥΤΟΥ ΚΑΙ ΚΑΛΑΜΟΝ ΕΠΙ ΤΗΝ ΔΕΞΙΑΝ ΑΥΤΟΥ.

        Μετὰ τὸ παρεκκλήσιο τοῦ Ἀκανθίνου Στεφάνου ὁ προσκυνητὴς συναντᾶ πύλη, ἀπὸ τὴν ὁποία μὲ κλίμακα ὁδηγεῖται εἰς τὸν ὑπόγειο χῶρο τοῦ Ναοῦ. Τὰ πρῶτα εἴκοσι ἐννέα σκαλοπάτια ὁδηγοῦν εἰς τετράγωνο ναΐσκο ἀφιερωμένο εἰς τὴν Ἁγία Ἑλένη, ὁ ὁποῖος φέρει τροῦλλο καὶ περίτεχνο ψηφιδωτὸ δάπεδο. Τὸ παρεκκλήσιο αὐτὸ ἀνῆκε παλαιότερα εἰς τοὺς Αἰθίοπες, οἱ ὁποῖοι ἐξ αἰτίας οἰκονομικῶν δυσχερειῶν ἠναγκάσθησαν νὰ τὸ πουλήσουν εἰς τοὺς Ἀρμενίους, οἱ ὁποῖοι τὸ κατέχουν μέχρι σήμερα καὶ λειτουργοῦν εἰς ἀλτάριο ἡὁποῖα βρίσκεται εἰς τὴν ἀνατολικὴ πλευρά του. Δίπλα του καὶ πρὸς τὰ βόρεια ὑπάρχει ἀντίστοιχο θυσιαστήριο ἀφιερωμένο εἰς τὸν ἅγιο Γρηγόριο τὸν Φωτιστή, τὸ σπουδαιότερο ἅγιο τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἀρμενίας. Εἰς τὴ νότια πλευρὰ τοῦ παρεκκλησίου ὑπάρχει ἄνοιγμα πρὸς τὸ σπήλαιο τῆς Εὑρέσεως, ἀπὸ τὸ ὁποῖο, σύμφωνα μὲ τὴν παράδοση, ἡ ἁγία Ἑλένη ἐπιστατοῦσε τὶς ἐργασίες γιὰ τὴν ἀνεύρεση τοῦ Τιμίου Σταυροῦ καὶ σήμερα καλεῖται «Κάθισμα τῆς ἁγίας Ἑλένης».

        Ἀπὸ τὴ νότια πλευρὰ τοῦ παρεκκλησίου τῆς Ἁγίας Ἑλένης δεύτερη κλίμακα μὲ δεκατρία σκαλοπάτια καταλήγει εἰς τὸ σπήλαιο ὅπου βρέθηκαν ὁ Τίμιος Σταυρός, οἱ ἧλοι καὶ οἱ σταυροὶ τῶν δύο ληστῶν. Ὁ ὅλος χῶρος διαιρεῖται εἰς δύο ἀνισοϋψῆ τμήματα, εἰς τὸ νότιο, ὅπου κατὰ τὴν παράδοση εὑβρέθη ὁ Σταυρὸς τοῦ Χριστοῦ καὶ ἐκεῖνοι τῶν ληστῶν, καὶ εἰς τὸ βόρειο, ὅπου ἀνεκαλύφθησαν οἱ ἧλοι.

        Βόρεια τοῦ χώρου τῆς Εὑρέσεως βρίσκεται τὸ παρεκκλήσιο «Διεμερίσαντο», ἡ ὁποία ἀνήκει εἰς τοὺς Ἀρμενίους. Ἡ ὀνομασία του συνδέεται μὲ τὶς εὐαγγελικὲς διηγήσεις, σύμφωνα μὲ τὶς ὁποῖες οἱ Ρωμαῖοι στρατιῶτες, ἀφοῦ σταύρωσαν τὸν Χριστό, διεμερίσαντο τὰ ἱμάτια αὐτοῦ (Ματθ. κζ’, 35). Ἐπειδὴ ὅμως ὁ χιτώνας τοῦ Κυρίου ἦταν ὑφαντὸς καὶ ἄραφτος, καὶ ἦταν ἀδύνατο νὰ μοιρασθεῖ, ἀποφάσισαν νὰ βάλουν κλῆρο. Ἔτσι ἐκπληρώθη ἡ προφητεία τῆς Παλαιᾶς Διαθήκης διεμερίσαντο τὰ ἱμάτιά μου ἑαυτοῖς καὶ ἐπὶ τὸν ἱμαστισμόν μου ἔβαλον κλῆρον (Ψαλμ. 21, 19. Πρβλ. καὶ Ἰω. ιθ’, 24).

        Εἰς τὴν κόγχη τοῦ παρεκκλησίου αὐτοῦ σχηματίζεται ἁγία Τράπεζα καὶ ἔχουν ἀναρτηθεῖ εἰκόνες οἱ ὁποῖες ἱστοροῦν τὸ διαμερισμὸ τῶν ἱματίων τοῦ Κυρίου.

        Εἰς τὴν τρίτη κόγχη τῆς ἱερῆς στοᾶς βρίσκεται παρεκκλήσιο ἀφιερωμένο εἰς τὸν ἑκατόνταρχο Λογγῖνο, τὸ ὁποῖο ἀνήκει ἀποκλειστικὰ εἰς τοὺς Ὀρθοδόξους. Εἰς τὸ χῶρο αὐτὸ ὑπάρχει ἁγία Τράπεζα καὶ πίσω εἰκόνα μὲ τὴν παράσταση τοῦ ἁγίου Λογγίνου ὁ ὁποῖος ὑψώνει τὸ χέρι πρὸς τὸν Ἐσταυρωμένο καὶ ὁμολογεῖ ἀληθῶς Θεοῦ υἱὸς ἦν οὗτος (Ματθ. κζ’, 54).

        Βορειοδυτικὰ ἀπὸ τὸ παρεκκλήσιο τοῦ Ἁγίου Λογγίνου βρίσκεται τὸ «Παρεκκλήσιο τῶν Κλαπῶν», τό ὁποῖο ἀνήκει εἰς τὴ δικαιοδοσία τῶν Ἑλλήνων Ὀρθοδόξων. Κλάπες, ὀνομάζεται πλάκα μὲ δύο ὀπές, ἡ ὁποία ἀποτελοῦσε ὄργανο βασανιστηρίων. Ἡ ἵδρυση τοῦ παρεκκλησίου ὀφείλεται εἰς ἀρχαιότατη παράδοση, σύμφωνα μὲ τὴν ὁποία οἱ βασανιστὲς τοῦ Χριστοῦ, πρὶν ἀπὸ τὴ Σταύρωση, ἀκινητοποίησαν τὰ πόδια του εἰς τὶς ὀπὲς τῆς πλάκας.

        Ἡ θέση τῆς πλάκας τῶν κλαπῶν ἦταν παλαιότερα εἰς τὸ Συνέδριο, ἀλλὰ οἱ χριστιανοὶ τὴ μετέφεραν εἰς τὸ παρεκκλήσιο αὐτὸ μετὰ τὴν ἅλωση τῆς Ἱερουσαλὴμ ἀπὸ τοὺς Ὀθωμανοὺς. Ἡ πλάκα ἔχει τοποθετηθεῖ κάτω ἀπὸ μικρὴ ἁγία Τράπεζα καὶ προστατεύεται μὲ κιγκλίδωμα. Εἰς τὸν πίσω τοῖχο τοῦ παρεκκλησίου ἔχει ἀναρτηθεῖ εἰκόνα ἡ ὁποία ἱστορεῖ τὸ γεγονός.

        Ὁ ἱερὸς αὐτὸς χῶρος συσχετίσθη μὲ μεταγενέστερη παράδοση, σύμφωνα μὲ τὴν ὁποία, ἀμέσως μετὰ τὴν εὕρεση τῶν τριῶν σταυρῶν ἀπὸ τὴν ἁγία Ἑλένη, ἀνεστήθη νεκρὸς κατὰ τὴν ἐκφορά του πρὸς τὸν τάφο, καὶ ἔτσι ἀνεγνωρίσθη ὁ ζωοποιὸς Σταυρὸς τοῦ Χριστοῦ.

        Τὸ παρεκκλήσιο ἔχει τρία μικρὰ ἀλτάρια, στὸ δεξιὸ ἀπὸ τὰ ὁποῖα φυλάσσεται τεμάχιο τοῦ κίονα, πάνω εἰς τὸν ὁποῖο ἔδεσαν καὶ μαστίγωσαν τὸν Κύριο (Ματθ. κζ’, 26. Μάρκ. ιε’, 15). Εἰς τὸ γεγονός αὐτὸ ὀφείλει τὶς ὀνομασίες του «κίων τῆς Φραγγελλώσεως» καὶ «κολόνα τοῦ Δαρμοῦ». Ἄλλοτε ὁ κίονας αὐτὸς φυλασσόταν ἀπὸ τοὺς Ἀρμενίους εἰς τὴ μονή τους εἰς τὴν ἁγία Σιών, σήμερα ὅμως ἔχει περιέλθει εἰς τὴν κατοχὴ τοῦ Τάγματος τῶν Φραγκισκανῶν.

        Νότια ἀπὸ τὸ παρεκκλήσιο τῶν Λατίνων καὶ βόρεια ἀπὸ τὸ ἱερὸ Κουβούκλιο, σώζεται στρογγυλὴ μαρμάρινη πλάκα, κατὰ λατινικὴ παράδοση δηλώνει τὸν τόπο ὅπου ὁ Χριστὸς ἐνεμφανίσθη εἰς τὴ Μαρία τὴ Μαγδαληνὴ μετὰ τὴν Ἀνάστασή του καὶ τῆς εἶπε: Μή μου ἅπτου (Ἰω. κ’, 17). Τὸ προσκύνημα αὐτὸ ἀνήκει εἰς τοὺς Λατίνους καὶ ὀνομάζεται «Μη μου ἅπτου», ἀπὸ τὰ λόγια τοῦ Χριστοῦ, ἀλλὰ καὶ «Παρεκκλήσιο τῆς Μαρίας τῆς Μαγδαληνῆς». Εἰς τὸ χῶρο αὐτὸ ὑψώνεται ἀλτάριο, πάνω ἀπὸ τὸ ὁποῖο ἀνάγλυφη εἰκόνα ἱστορεῖ τὸ γεγονός.