Μετά τήν ἐνθρόνισιν Αὐτοῦ, ἡ Α.Θ. Μακαριότης ὁ κ.κ. Θεόφιλος Γ΄, πέραν τῆς εἰς ἅπαντας τούς τομεῖς ἐνεργοῦ δράσεως Αὐτοῦ ὑπέρ τῆς ἀποκαταστάσεως τῆς ὁμαλῆς λειτουργίας τοῦ Πατριαρχείου καί τῆς προόδου αὐτοῦ, ὑπέρ τῆς πνευματικῆς ζωῆς τοῦ Χριστιανικοῦ Ποιμνίου καί τῆς εὐσταθείας τῶν Παναγίων Προσκυνημάτων, ἐμερίμνησε καί διά τήν ἀναβάθμισιν τῆς συμμετοχῆς τῆς Ἐκκλησίας τῶν Ἱεροσολύμων εἰς τά διορθόδοξα καί διομολογιακά δρώμενα, πρός διαφύλαξιν ἀντιστοίχως τῆς ἐκκλησιαστικῆς τάξεως κατά τούς ἱερούς τῆς Ἐκκλησίας Κανόνας καί ἐνίσχυσιν διεθνῶς τῶν δικαίων καί τοῦ ρόλου τῆς Ἐκκλησίας Ἱεροσολύμων. Οὕτω, συμμετέσχεν εἰς τήν ἀσχοληθεῖσαν μετά τῆς διαδοχῆς τοῦ Θρόνου τῆς Ἐκκλησίας Κύπρου Διηυρυμένην Σύνοδον τόν Μάιον τοῦ 2006 ἐν Σαμπεζύ τῆς Γενεύης, μετέβη δέ τόν αὐτόν μῆνα πρός Εἰρηνικήν Ἐπίσκεψιν εἰς τό Πρωτόθρονον Οἰκουμενικόν Πατριαρχεῖον Κωνσταντινουπόλεως. Ἐπαναπροσδιώρισεν, ἐπίσης, καί δή διά τῆς προσωπικῆς Αὐτοῦ παρουσίας, τήν συμμετοχήν τῶν Ἱεροσολύμων εἰς τό «Παγκόσμιον Συμβούλιον τῶν Ἐκκλησιῶν» καί τό «Συμβούλιον Ἐκκλησιῶν Μέσης Ἀνατολῆς». Τόν Ὀκτώβριον τοῦ 2007, προσκεκλημένος τῆς Κυβερνήσεως τῶν Η.Π.Α. συμμετέσχεν εἰς τάς ἐν Washington D.C. ἐργασίας τοῦ «Council of Religious Institutions of the Holy Land», συγκληθείσας ἐπί τῷ σκοπῷ τῆς προωθήσεως τῆς πολιτικῆς εἰρηνευτικῆς διαδικασίας εἰς τήν Ἁγίαν Γῆν. Μεταξύ πολλῶν ἄλλων, ἐμερίμνησε διά τήν ἐκπόνησιν ἐγκρίτων ἱστορικῶν μελετῶν καί μεταφράσεων ἐπί τῆς Ἱστορίας τῆς Ἐκκλησίας τῶν Ἱεροσολύμων, ἔλαβε δέ μέρος ὡς προσκεκλημένος εἰσηγητής εἰς ἐπιστημονικά καί ἄλλα συνέδρια ἐν Ἱεροσολύμοις καί Ἑλλάδι. Τόν μῆνα Σεπτέμβριον τοῦ ἔτους 2008, προσκεκλημένος τοῦ Εὐρωπαϊκοῦ Κοινοβουλίου ὁ Μακαριώτατος κ. Θεόφιλος μετέβη εἰς Βρυξέλλας, ἔνθα κατέστησε τάς προοπτικάς καί τά προβλήματα τῆς ἐν τῇ Ἁγίᾳ Γῇ Ἐκκλησίας, γνωστά εἰς τούς ἀξιωματούχους τῆς Εὐρωπαϊκῆς Κοινότητος καί τῆς Εὐρωπαϊκῆς Ἐπιτροπῆς. Τόν Ὀκτώβριον ἔλαβε μέρος εἰς τήν συνελθοῦσαν Σύνοδον τῶν Προκαθημένων τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας εἰς τό Οἰκουμενικόν Πατριαρχεῖον Κωνσταντινουπόλεως.
Τὸ ἔτος 2009 συμμετέσχεν εἰς τὸ ἐν Λονδίνῳ συγκληθὲν Συνέδριον «The C-1 World Dialogue» οὗτινος καὶ διωρίσθη Ἀντιπρόεδρος.