Γ΄. Ἡ περίοδος τῶν µεγάλων δεινῶν διὰ τὸ Πατριαρχεῖον τῶν Ἱεροσολύµων διήρκεσε ὑπὲρ τὴν χιλιετίαν, παρὰ τὴν εὔνοιαν διὰ τῆς ὁποίας ὁ πορθητὴς τῶν Ἱεροσολύµων Ὁµὰρ ἴµπν Ἀλ-Χαττὰπ ἀντιµετώπισε τοὺς Χριστιανοὺς καὶ τὸν Πατριάρχην των, Ἅγιον Σωφρόνιον· ὁ Χαλίφης Ὁµάρ, δι΄ εἰδικοῦ διατάγµατος (ἀχτιναμέ), ἀνεγνώριζεν εἰς τὸν Πατριάρχην τοῦ «βασιλικοῦ ἔθνους» (δηλ. τῶν Ρωµηῶν) τήν ἰδιότητα ἐθνάρχου καὶ πνευµατικοῦ ἡγέτου πάντων τῶν Χριστιανῶν τῆς Παλαιστίνης, ἀκόµη καὶ τῶν ἑτεροδόξων, ὡς ἐπίσης καὶ πρεσβεῖα τιµῆς μεταξὺ πάντων τῶν Χριστιανῶν ἀρχηγῶν, προσέφερε δὲ εἰς αὐτὸν ἐγγυήσεις εὐνοίας, ἀσφαλείας καὶ φορολογικῆς ἀσυδοσίας ἀπὸ µέρους τῶν µελλόντων Μουσουλµάνων ἡγεµόνων. Ὅµως, οἱ διάδοχοί του, αὐθαίρετοι Ἄραβες ἡγεµόνες, ὑπῆρξαν σκληρότατοι· ἡ χριστιανικὴ κοινότης ἤρχισε νὰ πλήττεται ὑπὸ συντόνων προσπαθειῶν ἐξισλαµισµοῦ καὶ ἀφελληνισµοῦ αὐτῆς.
Παρὰ τὰς ἀντιξόους ἐξωτερικὰς συνθήκας, ἡ πνευματικὴ ζωὴ ἐξηκολούθει νὰ καλλιεργῆται ὑπὸ τῶν διωκοµένων καὶ ἡ Ἐκκλησία Ἱεροσολύµων διεδραµάτισε σηµαίνοντα ρόλον εἰς τὴν κατανίκησιν τῶν αἱρέσεων τοῦ Μονοθελητισµοῦ καὶ τῆς Εἰκονοµαχίας, ὡς καὶ τῆς ἐµφανισθείσης διὰ πρώτην τότε (808 µ.Χ.) φορὰν εἰς Ἱεροσόλυµα φραγκοπαπικῆς αἱρέσεως τοῦ filioque· µεταξὺ τῶν πολλῶν ἀναδειχθέντων θεολόγων, ἄξιοι µνείας εἶναι ὁ Πατριάρχης ἅγιος Σωφρόνιος (†638) καὶ ὁ Σαββαΐτης ἱεροµόναχος ἅγιος Ἰωάννης ὁ Δαµασκηνός († 784), µία τῶν κορυφαίων καὶ ἀνεπαναλήπτων εἰς τὴν ἐκκλησιαστικὴν ἱστορίαν µορφῶν τῆς θεολογίας καὶ τῆς ὑµνογραφίας.
Ὁ 9ος αἰών, ὅπως καί ὁ 8ος, ἐχαρακτηρίσθη ὑπὸ τῶν διωγµῶν κατὰ τῶν Χριστιανῶν καὶ τῶν λεηλασιῶν εἰς βάρος τῶν Προσκυνηµάτων, τῶν Ναῶν, τῶν Μονῶν καὶ τῶν ἁπλῶν πιστῶν, ἐνῷ προσετέθησαν ὁ ἐµφύλιος πόλεµος µεταξὺ τῶν Ἀραβικῶν µερίδων καὶ µέτρα καταπιέσεως, µεταξὺ τῶν ὁποίων καὶ ἡ ἀπαγόρευσις τῶν λιτανειῶν καὶ τῆς διδασκαλίας τῶν ἑλληνικῶν, ὥστε διὰ τὸ ποίµνιον ἡ χρῆσις τῆς ἑλληνικῆς γλώσσης περιωρίσθη εἰς τὴν λατρείαν ἐν τοῖς Ναοῖς, καθὼς καὶ ἡ ἐπανειληµµένη βεβήλωσις καὶ καταστροφὴ τοῦ Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως καὶ τῶν λοιπῶν ἱερῶν Χώρων, αἱ ἐξορίαι καὶ δολοφονίαι Πατριαρχῶν κ.ἄ. Ἡ ἀποκορύφωσις τῶν κακῶν συνετελέσθη ἐπὶ τοῦ χαλίφου Ἀλ-Χακήµ, ὁ ὁποῖος ἐξαπέλυσε (1007 µ.Χ.) διωγµόν, τὸν χείριστον πάντων τῶν µέχρι τότε. Πέραν τοῦ εὐτελισµοῦ τῶν Χριστιανῶν καὶ τῆς δηµεύσεως ἱερῶν περιουσιῶν, ὁ Ναὸς τῆς Ἀναστάσεως καὶ τὰ πέριξ Μοναστήρια ἠρειπώθησαν, ὡς καὶ τὸ Προσκύνηµα τοῦ Ἁγίου Γεωργίου ἐν Λύδδῃ, ἐνῷ τὴν κορύφωσιν τῶν διωγµῶν ἐσήµανε ἡ λεηλασία τοῦ Σκευοφυλακίου τῆς Ἀναστάσεως καὶ ἡ ἐπιβολὴ ἐξισλαµισµοῦ διὰ φρικτῶν µαρτυρίων. Μικρὰ βελτίωσις ἐπῆλθεν ἐπὶ τοῦ διαδόχου τοῦ Χακήµ, Ἄλ Ζαχήρ, ὅτε καὶ ὁ Αὐτοκράτωρ τῆς Κωνσταντινουπόλεως Κωνσταντῖνος ὁ Μονοµάχος (1042-1055) συνεισέφερε σηµαντικῶς εἰς τὴν ἀνοικοδόµησιν τοῦ Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως καὶ τῶν λοιπῶν ἱερῶν Τόπων· πάντως ἡ Ἐκκλησία ἐδοκιµάσθη καὶ πάλιν ὑπὸ τῆς σφοδρᾶς ἀντιπαραθέσεως τῶν Ἀράβων καὶ τῆς ἀνερχοµένης δυνάµεως τῶν Σελτζούκων Τούρκων. Ἀλλαγὴν τινὰ εἰς αὐτήν τὴν κατάστασιν ἐπήνεγκεν ἡ ἔλευσις τῶν Σταυροφόρων ἐν ἔτει 1099, οἱ ὁποῖοι τῇ παρακινήσει τῶν Παπῶν καὶ τῶν Βασιλέων τῆς Δύσεως, διὰ πυρὸς καὶ σιδήρου κατατέµνοντες τὴν ἀνατολικὴν Ρωµαϊκὴν «Βυζαντινὴν» Αὐτοκρατορίαν εἰς µικρὰ λατινικὰ Βασίλεια, ἔφθασαν εἰς Ἱεροσόλυµα.