Ε΄. Ἡ ἧττα τῶν Σταυροφόρων ὑπὸ τῶν Μαµελούκων τοῦ Σαλὰχ ἐδ Δὶν ἐν ἔτει 1187, ἐπὶ τῶν ὑψωµάτων Χαττὶν πλησίον τῆς Τιβεριάδος, ἔδωκε καὶ πάλιν τὰ Ἱεροσόλυµα εἰς τὰς χεῖρας τοῦ Ἰσλάµ, µολονότι ἡ τελικὴ ἀποµάκρυνσις τῶν σταυροφόρων ἀπὸ τῆς Ἁγίας Γῆς ἦλθε µετὰ τὴν ἧτταν αὐτῶν ἐν Πτολεµαΐδι τῷ 1291. Ὁ Σαλὰχ ἐδ Δίν, τηρῶν ἐκ σεβασµοῦ τὸ διάταγµα τοῦ Ὁμὰρ Χαττάπ, ἐπέστρεψε πάντα τὰ Προσκυνήµατα εἰς τοὺς Ἕλληνας, ὅµως µερικοὶ ἀνώτατοι διοικητικοὶ αὐτοῦ ὑπάλληλοι παρεχώρησαν µερικοὺς προσκυνηµατικοὺς χώρους εἰς τοὺς µονοφυσίτας Κόπτας καὶ Ἀβησσυνούς (Αἰθίοπας). Ἡ στάσις τῶν Μαµελούκων ἔναντι τοῦ Ἑλληνικοῦ, Ρωµέηκου, Πατριαρχείου ἤλλαξεν εἰς τὰς ἀρχὰς τοῦ 14ου αἰ., καὶ ἤρξαντο µακρόχρονοι διωγµοί κατὰ τῶν Χριστιανῶν, εἰς τὸ πλαίσιον τῶν ὁποίων καὶ ὁ Ναός τῆς Ἀναστάσεως, ἀργότερον, ἐπὶ Πατριάρχου Ἰωακείµ (1431- ), παρ’ ὀλίγον θὰ ἐγίνετο ἰσλαµικὸν τέµενος. Περὶ τὸ ἔτος 1334, ἐνεφανίσθησαν εἰς Ἱεροσόλυµα καὶ ἐγκατεστάθησαν ἐπὶ τοῦ λόφου τῆς Σιών οἱ Φραγκισκανοί, ἐνῷ παραλλήλως ἐνισχύθη ἡ παρουσία τῶν Ἰακωβιτῶν καί Ἀρµενίων· ἀντιστάθµισµα αὐτῆς ὑπῆρξεν ἡ ἔλευσις πολλῶν Γεωργιανῶν καὶ Σέρβων Ὀρθοδόξων Μοναχῶν, ἡ ὁποία ἐνίσχυσε τὴν ἑλληνορθόδοξον ἁγιοταφιτικὴν παρουσίαν, ἂν καὶ ὄχι πάντοτε ἄνευ περιπλοκῶν. Εἰς τοὺς Γεωργιανοὺς παρεχωρήθη ὑπὸ τῶν Ἑλλήνων ἡ Μονὴ τοῦ Τιµίου Σταυροῦ, εἰς δὲ τοὺς Σέρβους ἡ Ἱερὰ Μονὴ τῶν Ἀρχαγγέλων, µετόχιον τῆς Λαύρας τοῦ Ἁγίου Σάββα.
Ἡ πτῶσις τῆς Κωνσταντινουπόλεως εἰς τοὺς Τούρκους(1453 µ.Χ.) καὶ ἡ συνακόλουθος τελεία ἀπώλεια τῆς ἐπισήµου πολιτικῆς προστασίας ἐσήµανε τὴν ἔναρξιν καὶ νέων διωγµῶν. Ὁ Πατριάρχης Ἀθανάσιος Δ΄, ταξιδεύσας εἰς τὴν Πόλιν καὶ ἐπιτυχὼν τὴν ἔκδοσιν σουλτανικοῦ διατάγµατος (χάτι σερὶφ) ὑπὸ τοῦ Μωάµεθ Β’ τοῦ Πορθητοῦ (τῷ 1458), ἀπεσόβησε τὸν κίνδυνον τῆς καταστροφῆς τῶν Προσκυνηµάτων καὶ τῆς ἀπωλείας τῶν ἐπ’ αὐτῶν δικαιωµάτων τῶν Ὀρθοδόξων, ὡς ἔπραξεν ἀργότερον καὶ ὁ Πατριάρχης Γρηγόριος Γ΄ (1468-1493), ἐπιτυχὼν τὴν ἔκδοσιν νέου διατάγµατος ὑπὸ τοῦ Πορθητοῦ. Οἱ Ἕλληνες κληρικοὶ ἐµαστίζοντο ὑπὸ δεινῆς πτωχείας, ἡ δὲ στροφή των πρὸς τὸν Πορθητὴν ἐπεδείνωσε τὰς σχέσεις των µετὰ τῶν Μαµελούκων καί, βεβαίως, µετὰ τῶν Λατίνων.