Ἡ περίοδος αὕτη τῆς ἱστορίας τῶν Ἱεροσολύµων χαρακτηρίζεται ἀπό τάς προσπαθείας κυρίως τῶν Λατίνων καί τῶν Ἀρµενίων, βασιζοµένων τῶν µέν εἰς τήν διπλωµατίαν τῶν εὐρωπαϊκῶν δυνάµεων, τῶν δέ εἰς τήν οἰκονοµικήν ἤ ἄλλου εἴδους πρόσβασίν των εἰς τήν Ὑψηλήν σουλτανικήν Πύλην τῆς Κωνσταντινουπόλεως, ὅπως ἀνατρέψωσι τό εὐνοϊκόν διά τήν γηγενῆ (ἑλληνικήν) Ἐκκλησίαν τῶν Ἁγίων Τόπων καθεστώς καί ἀποκτήσωσι τά πρωτεῖα ἤ καί τήν ἀποκλειστικότητα εἰς τά πανίερα Προσκυνήµατα. Ἰδού ὀλίγοι ἐκ τῶν ἀγώνων τούτων:

       Ἅµα τῇ ἐπικρατήσει τῶν Τούρκων εἰς Παλαιστίνην ὑπό 17 τόν διάδοχον τοῦ Μωάµεθ Πορθητοῦ, τόν Σελήµ (1517), τά δικαιώ µατα τῆς Ἐκκλησίας τῶν Ἱεροσολύµων ἀναγνωρίζονται ἐκ νέου ὑπό τῆς τουρκικῆς Ἀρχῆς· ἡ φραγκισκανική παρουσία καθίσταται ἀντικείµενον δυσµενείας καί ἡ Μονή των καταστρέφεται (1523 µ.Χ.)· σταδιακῶς ὅµως ἐνδυναµοῦνται αἱ προσπάθειαι ἀναµείξεως αὐτῶν καί τῶν λοιπῶν ὁµολογιῶν εἰς τό προσκυνηµατικόν καθεστώς.

       Ὁ 16ος αἰών σφραγίζεται ὑπό τῶν καρποφόρων προσπαθειῶν τοῦ Πατριάρχου Γερµανοῦ τοῦ Σαββαΐτου (1537-1579) πρός ἀναδιοργάνωσιν τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος· ὁ Πατριάρχης Γερµανός ἐµερίµνησε δι’ ἐπισκευάς εἰς τά Προσκυνήµατα, ἐπέτυχε τήν ἔκδοσιν φιρµανίου (1538) ὑπό τοῦ Σουλτάνου Σουλεϊµάν ὑπέρ τῶν Ρωµηῶν καί ἀπεδήµησε πρός λογίαν (ἔρανον) εἰς Ρωσίαν, θέσας οὕτω τήν ἀρχήν τοῦ ἐπικρατήσαντος ἔθους τῶν «ἱερῶν ἀποδηµιῶν» τῶν Ἁγιοταφιτῶν εἰς τάς ὁµοδόξους χώρας, κυρίως τάς Παραδουναβίους Ἡγεµονίας καί τήν Ρωσίαν, πρός οἰκονοµικήν ἐνίσχυσιν τῶν πανσέπτων Προσκυνηµάτων· ἐπίσης, διωργάνωσε τήν Ἁγιοταφιτικήν Ἀδελφότητα εἰς σύνδεσµον στενότερον µετά τοῦ αὑτῆς Πατριάρχου καί Ἡγουµένου. Τάς προσπαθείας αὐτοῦ ἐσυνέχισεν ὁ ἐπάξιος διάδοχος αὐτοῦ Πατριάρχης Σωφρόνιος Δ΄(1579-1608).

       Ἐν ἔτει 1604, ὑπεγράφη ὑπό τῆς Γαλλίας καί τῆς Τουρκίας ἡ πρώτη συνθήκη, ἡ ὁποία ἀνεγνώριζεν ἐπίσηµα δικαιώµατα τῶν Λατίνων εἰς τούς Ἁγίους Τόπους, καί οὕτω, τό ἑπόµενον ἔτος, οἱ Λατῖνοι εἰσεχώρησαν εἰς τόν Γολγοθᾶν καί εἰς τόν ἐν Βηθλεέµ Ναόν, ἐνῷ εἰς τήν Ἁγίαν Γῆν ἐµφανίζονται -ὡς ἀνταγωνισταί τῶν Φραγκισκανῶν- οἱ Ἰησουῖται. Παραλλήλως, οἱ Ἀρµένιοι προσπαθοῦν νά οἰκειωθοῦν τήν τελετήν τοῦ Ἁγίου Φωτός, ἀλλ’ ἀποκρούονται ὑπό σουλτανικοῦ διατάγµατος τοῦ 1611· ὁ πρέσβυς τῆς Γαλλίας ἐν Κωνσταντινουπόλει διεξάγει ἀγῶνα ἐναντίον τοῦ Πατριάρχου Θεοφάνους Γ΄, ὁ ὁποῖος ὅµως ἐπιτυγχάνει τήν ἔκδοσιν σειρᾶς φιρµανίων (1631-1634) ὑπό τοῦ Σουλτάνου Μουράτ, ἰσοδυνάµων καί συµφώνων πρός τά διατάγµατα τοῦ Μωάµεθ τοῦ Πορθητοῦ καί τοῦ Σελήµ.

       Πρό τούτου ὁ Πατριάρχης Θεοφάνης εἶχεν ἀναγκασθῆ νά ἐκποιήσῃ µεγάλης ἀξίας ἱερά κειµήλια, διά νά ἀποτρέψῃ τήν παραχώρησιν τῆς Λαύρας καί τοῦ Μετοχίου αὐτῆς τῶν Ἀρχαγγέλων εἰς τούς σπεύσαντας νά ἀποπληρώσωσι τό χρέος αὐτῆς Λατίνους καί Ἀρµενίους, χρέος τό ὁποῖον εἶχε δηµιουργήσει ἡ ἀπρόσεκτος οἰκονοµική διαχείρισις τῶν κατοικούντων τήν Λαύραν τοῦ Ἁγίου Σάββα Σέρβων.