ΣΤ΄. Ἡ νέα περίοδος, ἡ ἀρξαµένη ἀπὸ τῆς ἐπικρατήσεως τῶν Ὀθωµανῶν Τούρκων εἰς τὴν Ἁγίαν Γῆν (1517 µ.Χ.), εἰς ἀντικατάστασιν τῶν µέχρι τότε ἐπικρατούντων Μαµελούκων τῆς Αἰγύπτου, ὑπῆρξε µάρτυς τῶν θρυλικῶν, τῇ βοηθείᾳ τοῦ Θεοῦ, ἀγώνων τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος πρὸς διαφύλαξιν τῶν πανιέρων Προσκυνηµάτων, ἐναντίον τῶν σχεδίων τῶν ἄλλων χριστιανικῶν δογµάτων. Εἶναι ἡ περίοδος διαµορφώσεως καὶ παγιώσεως τοῦ Προσκυνηµατικοῦ Καθεστῶτος (status quo).

Ἡ περίοδος αὕτη τῆς ἱστορίας τῶν Ἱεροσολύµων χαρακτηρίζεται ἀπὸ τὰς προσπαθείας κυρίως τῶν Λατίνων καὶ τῶν Ἀρµενίων, βασιζοµένων τῶν μὲν εἰς τὴν διπλωµατίαν τῶν εὐρωπαϊκῶν δυνάµεων, τῶν δὲ εἰς τὴν οἰκονοµικὴν ἢ ἄλλου εἴδους πρόσβασίν των εἰς τὴν Ὑψηλὴν σουλτανικὴν Πύλην τῆς Κωνσταντινουπόλεως, ὅπως ἀνατρέψωσι τὸ εὐνοϊκὸν διὰ τὴν γηγενῆ (ἑλληνικὴν) Ἐκκλησίαν τῶν Ἁγίων Τόπων καθεστὼς καὶ ἀποκτήσωσι τὰ πρωτεῖα ἢ καὶ τὴν ἀποκλειστικότητα εἰς τὰ πανίερα Προσκυνήµατα. Ἰδοὺ ὀλίγοι ἐκ τῶν ἀγώνων τούτων:
Ἅµα τῇ ἐπικρατήσει τῶν Τούρκων εἰς Παλαιστίνην ὑπὸ τοῦ διαδόχου τοῦ Μωάµεθ Πορθητοῦ, τοῦ Σελήμ (1517), τὰ δικαιώµατα τῆς Ἐκκλησίας τῶν Ἱεροσολύµων ἀναγνωρίζονται ἐκ νέου ὑπὸ τῆς τουρκικῆς Ἀρχῆς· ἡ φραγκισκανικὴ παρουσία καθίσταται ἀντικείµενον δυσµενείας καὶ ἡ Μονή των καταστρέφεται (1523 µ.Χ.)· σταδιακῶς ὅµως ἐνδυναµοῦνται αἱ προσπάθειαι ἀναµείξεως αὐτῶν καὶ τῶν λοιπῶν ὁµολογιῶν εἰς τὸ προσκυνηµατικὸν καθεστώς.
Ὁ 16ος αἰὼν σφραγίζεται ὑπό τῶν καρποφόρων προσπαθειῶν τοῦ Πατριάρχου Γερµανοῦ τοῦ Σαββαΐτου (1537-1579) πρὸς ἀναδιοργάνωσιν τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος· ὁ Πατριάρχης Γερµανὸς ἐµερίµνησε δι’ ἐπισκευὰς εἰς τὰ Προσκυνήµατα, ἐπέτυχε τὴν ἔκδοσιν φιρµανίου (1538) ὑπὸ τοῦ Σουλτάνου Σουλεϊμὰν ὑπὲρ τῶν Ρωµηῶν καὶ ἀπεδήµησε πρὸς λογίαν (ἔρανον) εἰς Ρωσίαν, θέσας οὕτω τὴν ἀρχὴν τοῦ ἐπικρατήσαντος ἔθους τῶν «ἱερῶν ἀποδηµιῶν» τῶν Ἁγιοταφιτῶν εἰς τὰς ὁµοδόξους χώρας, κυρίως τὰς Παραδουναβίους Ἡγεµονίας καὶ τὴν Ρωσίαν, πρὸς οἰκονοµικὴν ἐνίσχυσιν τῶν πανσέπτων Προσκυνηµάτων· ἐπίσης, διοργάνωσε τὴν Ἁγιοταφιτικὴν Ἀδελφότητα εἰς σύνδεσµον στενότερον µετὰ τοῦ αὑτῆς Πατριάρχου καὶ Ἡγουµένου. Τὰς προσπαθείας αὐτοῦ ἐσυνέχισεν ὁ ἐπάξιος διάδοχος αὐτοῦ Πατριάρχης Σωφρόνιος Δ΄(1579-1608).
Ἐν ἔτει 1604, ὑπεγράφη ὑπό τῆς Γαλλίας καὶ τῆς Τουρκίας ἡ πρώτη συνθήκη, ἡ ὁποία ἀνεγνώριζεν ἐπίσηµα δικαιώµατα τῶν Λατίνων εἰς τοὺς Ἁγίους Τόπους, καὶ οὕτω, τὸ ἑπόµενον ἔτος, οἱ Λατῖνοι εἰσεχώρησαν εἰς τὸν Γολγοθᾶν καὶ εἰς τὸν ἐν Βηθλεὲµ Ναόν, ἐνῷ εἰς τὴν Ἁγίαν Γῆν ἐµφανίζονται -ὡς ἀνταγωνισταὶ τῶν Φραγκισκανῶν- οἱ Ἰησουῖται. Παραλλήλως, οἱ Ἀρµένιοι προσπαθοῦν νὰ οἰκειωθοῦν τὴν τελετὴν τοῦ Ἁγίου Φωτός, ἀλλ’ ἀποκρούονται ὑπὸ σουλτανικοῦ διατάγµατος τοῦ 1611· ὁ πρέσβυς τῆς Γαλλίας ἐν Κωνσταντινουπόλει διεξάγει ἀγῶνα ἐναντίον τοῦ Πατριάρχου Θεοφάνους Γ΄, ὁ ὁποῖος ὅµως ἐπιτυγχάνει τὴν ἔκδοσιν σειρᾶς φιρµανίων (1631-1634) ὑπὸ τοῦ Σουλτάνου Μουράτ, ἰσοδυνάµων καὶ συµφώνων πρὸς τὰ διατάγµατα τοῦ Μωάµεθ τοῦ Πορθητοῦ καὶ τοῦ Σελήμ.
Πρὸ τούτου ὁ Πατριάρχης Θεοφάνης εἶχεν ἀναγκασθεῖ νὰ ἐκποιήσῃ µεγάλης ἀξίας ἱερὰ κειµήλια, διὰ νὰ ἀποτρέψῃ τὴν παραχώρησιν τῆς Λαύρας καὶ τοῦ Μετοχίου αὐτῆς τῶν Ἀρχαγγέλων εἰς τοὺς σπεύσαντας νὰ ἀποπληρώσωσι τὸ χρέος αὐτῆς Λατίνους καὶ Ἀρµενίους, χρέος τὸ ὁποῖον εἶχε δηµιουργήσει ἡ ἀπρόσεκτος οἰκονοµικὴ διαχείρισις τῶν κατοικούντων τὴν Λαύραν τοῦ Ἁγίου Σάββα Σέρβων. Ὁ Πατριάρχης Παΐσιος (1645-1660) ἀποκρούει τὰς προσπαθείας τῶν Ἀρµενίων, νὰ κληρονοµήσουν τὰ τῶν Ἀβησσυνῶν (Αἰθιόπων) κτήµατα, ὅµως ἀποτυγχάνει εἰς τὴν ἀναχαίτισιν τῶν περὶ τῆς Μονῆς τοῦ Ἁγίου Ἰακώβου προσπαθειῶν τῶν Ἀρµενίων, καὶ οὕτω τῷ 1658 ἡ Μονὴ αὕτη καθίσταται ὁριστικῶς Ἀρμενική, ἕδρα δὲ τοῦ Ἀρµενικοῦ ἐν Ἱεροσολύµοις Πατριαρχείου.
Ἡ ἔνδοξος πατριαρχία Δοσιθέου Β΄(1669-1707) ἐφώτισε τοὺς σκοτεινοὺς τούτους χρόνους καὶ ἀπετέλεσε κυµατοθραύστην κατὰ συντονισµένων ἐνεργειῶν τῶν ἑτεροδόξων, οἱ ὁποῖοι, εὐνοηθέντες ὑπὸ τῶν ἱστορικῶν περιστάσεων, παρ’ ὀλίγον θὰ ἐπετύγχανον νὰ ἐκδιώξουν τὴν Ἁγιοταφιτικὴν Ἀδελφότητα ἀπὸ τῶν Πανσέπτων αὐτῆς Προσκυνηµάτων. Ἀποτρέψας ὁ Δοσίθεος σοβαρὰν προσπάθειαν τῆς Γαλλίας πρὸς παραχώρησιν τῶν Προσκυνηµάτων εἰς τοὺς Λατίνους Μοναχούς, καὶ ἀποφυγὼν µετὰ ταῦτα καὶ δύο δολοφονικὰς κατ΄ αὐτοῦ ἀποπείρας, ἐν Ἱεροσολύµοις καὶ κατὰ τὴν μετάβασίν του εἰς Κωνσταντινούπολιν, ἠκύρωσε ἐπίσης τὰς ἐν ἔτει 1677 συνδεδυασµένας ἐνεργείας τῶν πρέσβεων τῶν χωρῶν Αὐστρίας, Γαλλίας, Πολωνίας καὶ Βενετίας, ὅπως παραχωρηθοῦν νέα, µὴ ἱστορικά, προνόµια εἰς τοὺς Λατίνους. Ἐν ὀλίγῳ χρόνῳ διέσωσε (1680) τὴν Μονὴν τοῦ Τιµίου Σταυροῦ ἐκ τῶν χρεῶν τῶν Ὀρθοδόξων Γεωργιανῶν Μοναχῶν καὶ τῶν, ὡς πάντοτε, σπευσάντων πρὸς ἐξόφλησιν τοῦ χρέους Λατίνων καὶ Ἀρµενίων. Ὅµως, ὁ κατὰ τῆς Ὀθωµανικῆς Πύλης πόλεµος τῶν τριῶν πρώτων ἐκ τῶν προαναφερθεισῶν δυνάµεων καὶ τῆς Ρωσίας ἐν ἔτει 1688 ἐπεδείνωσε τὴν κατάστασιν· παρὰ τὴν ἔκδοσιν φιρµανίου τοῦ Σουλεϊμάν ὑπὲρ τῶν Ὀρθοδόξων ἐν ἔτει 1688, ἡ ἧττα τῆς Τουρκίας ὑπὸ τῆς Αὐστρίας τὸ αὐτὸ ἔτος ὡδήγησεν εἰς ἔκδοσιν φιρµανίου ὑπὲρ τῶν Λατίνων τῷ 1689, τὸ ὁποῖον ἀφῄρει τὰ Προσκυνήµατα ἀπὸ τῶν Ρωµηῶν καὶ ἐνεθάρρυνε τοὺς Λατίνους τόσον, ὥστε προέβησαν εἰς ἔξωσιν τῶν Ἁγιοταφιτῶν ἐκ τῶν Ἱεροσολύµων· ὅµως ὁ Δοσίθεος ὡρκίσθη νὰ µὴ ἐπιστρέψῃ εἰς Ἱεροσόλυµα, πρὶν ἢ ἐκβάλῃ τοὺς Λατίνους ἐκ τῶν παρανόµως ἀποκτηθέντων ὑπ’ αὐτῶν Προσκυνηµάτων, δι΄ ὃ καὶ ἐπέτυχε τὴν ἔκδοσιν πολλῶν ὠφελίµων, ἀλλ’ ἐλάσσονος σηµασίας διὰ τὸ Πατριαρχεῖον, φιρµανίων. Τελικῶς, µὴ προλαβὼν ἐν ζωῇ τὴν ἐπιτυχίαν τῶν αὐτοῦ ἀγώνων, κατέλιπεν ἀποθανὼν τῷ 1707 τὴν σκυτάλην τῆς Πατριαρχίας καὶ τῶν ὑπέρ Πίστεως ἀγώνων εἰς τὸν Πατριάρχην Χρύσανθον, ὁ ὁποῖος ἐπέτυχε κατ’ ἀρχήν, ἵνα ἐπικυρωθῇ, ὅτι προέχει τῶν Ἀρµενίων εἰς τὴν τελετὴν τοῦ Ἁγίου Φωτὸς ὁ Ὀρθόδοξος Πατριάρχης ἢ ὁ Ἐπίτροπός του, κατὰ τὰ ἔτη δὲ 1719 καὶ 1720 ἀνέκτησε µέρος καὶ ἄλλων δικαιωµάτων τῶν Ὀρθοδόξων. Τῷ 1737 ἱδρύθη ἡ πρώτη Ὀρθόδοξος ἐν Ἱεροσολύµοις Σχολή, ἐπὶ Πατριάρχου Παρθενίου. Μία νέα συνθήκη µεταξὺ Γαλλίας καὶ Τουρκίας τῷ 1740 ἔπληξεν ἐκ νέου τοὺς ἀγῶνας τῶν Ἁγιοταφιτῶν, ἀλλὰ δύο διατάγµατα τῶν Σουλτάνων Ὀσμὰν (1757) καὶ Ὀσμὰν Μουσταφᾶ Γ΄(1768), ἐκδοθέντα δι’ ἐνεργειῶν τοῦ Παρθενίου, ἀπεκατέστησαν τοὺς Ἁγιοταφίτας εἰς τὰ νόµιµα δικαιώµατα τὰ ὁποῖα εἶχον ἀδίκως στερηθεῖ ἀπὸ τοῦ ἔτους 1689. Ὁ Πατριάρχης Παρθένιος ἐξεπόνησε καὶ Κανονισµὸν τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος, ἀργότερον ἐπεξεργασθέντα ἐπὶ τὸ βέλτιον.